Es el año 1943. La Segunda Guerra Mundial esta en su pico culmine. Mientras que las fuerzas aliadas comienzan a detener el avance de Hitler, la maquina de guerra nazi tiene la bota en la garganta del continente europeo. Al mismo tiempo, Himmler, el temido jefe de la SS tiene un plan para dominar una fuerza oculta conocida como Sol Negro. Con tal misteriosa fuente de poder a su disposicion, ningun ejercito en la Tierra puede detener el camino del Tercer Reich. Ningun ejercito, pero el hombre que ha cerrado el programa de supersoldados de Hitler y cohartado la resurreccion del antiguo superhombre Rey Heinrich I, si puede. Otra vez, el mundo requiere de los talentos particulares del Agente Especial B.J. Blazkowicz.

Podras usar armas convencionales, como MP43 rifle automatico de asalto, KAR 96 fusil de perno, MP40 subametralladora automatica, lanzallamas o lanza misiles, asi como tambien las armas creadas por la division paranormal del Tercer Reich, como el cañon Tesla o el cañon de Particulas.

Te enfrentaras con enemigos de todo tipo: Drache Troopers o Dragones que usan el lanzallamas para reducir sus enemigos a cenizas. La Guardia de Elite, elementos altamente entrenados en combate cuerpo a cuerpo, que tambien pueden controlar el poder del Sol Negro. Usan los cuerpos de sus compañeros muertos para crear criaturas retorcidas reanimadas. Los Nazis que primero incursionaron en los dominios del Sol Negro y no murieron, volvieron como mutantes horriblemte retorcidos. Pocas de esas aberraciones pudieron ser aprovechadas, otras se convirtieron en bestias insanas conocidas como Los Alterados.